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 | Sujet: Cours de Bioinformatique (la recherche de similitudes entre séquences)  Sam 26 Jan 2013 - 6:53 | |
| II. LA RECHERCHE DE SIMILITUDES ENTRE SEQUENCES BIOLOGIQUES
- LES SYSTEMES DE SCORES
1.1 Les principes et la détermination d'un score
1.2 Les matrices nucléiques
1.3 Les matrices protéiques
1.3.1 Les matrices protéiques liées à l'évolution
1.3.2 Les matrices protéiques liées aux caractéristiques physico-chimiques
1.3.3 Le choix d'une matrice protéique
LES ALGORITHMES ET LES PROGRAMMES DE COMPARAISON DE SEQUENCES
2.1 Les principes de base
2.1.1 L'identité, la similitude et l'alignement
2.1.2 La recherche de segments similaires
2.1.3 La recherche d'alignement optimaux
2.1.4 La recherche de segments identiques
2.2 L'évaluation des résultats
2.2.1 Les méthodes pratiques ou empiriques
2.2.2 Les méthodes d'analyse de Monte Carlo
2.2.3 Les autres méthodes
2.3 Les programmes de comparaison avec les banques de séquences
2.3.1 Le programme FASTA
2.3.2 Le programme BLAST
2.3.3 L'utilisation de machines spécialisées
2.3.4 La disponibilité des programmes à travers les réseaux informatiques
2.4 Les programmes de recherche de motifs
2.4.1 "Motif et pattern"
2.4.2 Les différents types de motifs
2.4.3 La définition des motifs
2.4.4 Les algorithmes de recherche de motifs
2.4.5 Vers un formalisme plus complet de la caractérisation des motifs nucléiques
Christian Fondrat (DSI, Direction des Systèmes d'Information de l'université René Descartes) ©DSI, CITI2,1997.
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