cours de Bactériologie

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Chapitre 1 - Anatomie fonctionnelle des bactéries

	1.1	La découverte du monde bactérien
	1.2	L'anatomie des bactéries

	1.2.1	L'appareil nucléaire des bactéries
	1.2.2	L'ADN extra-chromosomique

	1.2.2.1	Le facteur sexuel ou facteur F
	1.2.2.2	Les plasmides de résistance aux antibiotiques (ou facteurs R)
	1.2.2.3	Les autres plasmides

	1.2.3	Le cytoplasme bactérien
	1.2.4	La membrane cytoplasmique

	1.2.4.1	La membrane cytoplasmique, ou membrane interne
	1.2.4.2	Fonctions principales de la membrane cytoplasmique
	1.2.4.3	Certaines substances antibactériennes affectent la membrane cytoplasmique

1.2.5

La paroi bactérienne

	1.2.5.1	Structure du peptidoglycane
	1.2.5.2	Différences entre bactéries à Gram positif et à Gram négatif
	1.2.5.3	Rôle de la paroi

1.2.6

Structures inconstantes

	1.2.6.1	La capsule
	1.2.6.2	Cils ou flagelles
	1.2.6.3	Les pili ou fimbriae
	1.2.6.4	Les spores
	1.2.6.5	Le glycocalyx

Chapitre 2 - Génétique bactérienne

2.1

Variations génétiques par mutation

	2.1.1	Caractères de la mutation bactérienne
	2.1.2	La mutation à l’échelon moléculaire

2.2

Les variations génétiques par transfert de matériel génétique

	2.2.1	La transformation
	2.2.2	La conjugaison

	2.2.2.1	Mise en évidence de la conjugaison
	2.2.2.2	Caractères de la conjugaison
	2.2.2.3	Conclusions

2.2.3

Les plasmides

	2.2.3.1	Mise en évidence
	2.2.3.2	Propriétés biologiques portées par les plasmides
	2.2.3.3	Conclusion

2.2.4

La transposition - Les transposons

	2.2.4.1	Mise en évidence de la transposition
	2.2.4.2	Propriétés des transposons
	2.2.4.3	Structure des transposons
	2.2.4.4	Conclusion

2.2.5

La transduction

	2.2.5.1	Caractères de la transduction
	2.2.5.2	Conclusions

Chapitre 3 - Staphylocoques

	3.1	Définition
	3.2	Historique
	3.3	Habitat
	3.4	Pouvoir pathogène

	3.4.1	Caractères généraux
	3.4.2	Infections staphylococciques

3.5

Etude bactériologique

	3.5.1	Microscope
	3.5.2	Culture
	3.5.3	Caractères biochimiques
	3.5.4	Facteurs de virulence de physiopathologie

	3.5.4.1	Les composants de la paroi
	3.5.4.2	Facteurs d'invasion et d'adhésion
	3.5.4.3	Substances élaborées par S.aureus

	3.6	Diagnostic bactériologique
	3.7	Les bases du traitement

	3.7.1	Traitement préventif
	3.7.2	Traitement curatif

Chapitre 4 - Les streptocoques, entérocoques et pneumocoques

4.1

Les streptocoques

	4.1.1	Historique
	4.1.2	Habitat
	4.1.3	Pouvoir pathogène

	4.1.3.1	Maladies provoquées par les streptocoques des groupes A, C, G.
	4.1.3.2	Maladies provoquées par les autres streptocoques

4.1.4

Etude bactériologique

	4.1.4.1	Microscope
	4.1.4.2	Culture
	4.1.4.3	Caractères biochimiques
	4.1.4.4	Structure antigénique
	4.1.4.5	Substances élaborées par streptococcus pyogènes

4.1.5

Diagnostic bactériologique

	4.1.5.1	Diagnostic direct
	4.1.5.2	Diagnostic indirect

4.1.6

Traitement

	4.1.6.1	Traitement curatif
	4.1.6.2	Traitement préventif

	4.2	Les entérocoques
	4.3	Le pneumocoque

	4.3.1	Définition
	4.3.2	Habitat
	4.3.3	Pouvoir pathogène naturel
	4.3.4	Etude bactériologique

	4.3.4.1	Microscope
	4.3.4.2	Culture
	4.3.4.3	Caractères biochimiques
	4.3.4.4	Construction chimique et antigènique
	4.3.4.5	Pouvoir pathogène expérimental

	4.3.5	Diagnoctic bactériologique
	4.3.6	Traitement

4.4

Bibliographie

Chapitre 5 - Les neisseria

5.1

Nesséria méningitidis

	5.1.1	Habitat
	5.1.2	Epidémiologie et pouvoir pathogène
	5.1.3	Etude bactériologique

	5.1.3.1	Microscope
	5.1.3.2	Culture
	5.1.3.3	Caractères biochimiques
	5.1.3.4	Structure chimique et antigènique

	5.1.4	Diagnostic bactériologique
	5.1.5	Traitement

	5.1.5.1	Traitement curatif
	5.1.5.2	Traitement préventif

5.2

Neisseria gonorrhoeae

	5.2.1	Habitat
	5.2.2	Pouvoir pathogène
	5.2.3	Etude bactériologique

	5.2.3.1	Microscope
	5.2.3.2	Culture
	5.2.3.3	Caractères biochimiques
	5.2.3.4	Structure chimique et antigènique

5.2.4

Diagnostic bactériologique

	5.2.4.1	Diagnoctic direct
	5.2.4.2	Diagnostic indirect

5.2.5

Traitement

	5.2.5.1	Traitement curatif
	5.2.5.2	Prévention

5.3

Réferences

Chapitre 6 - Les bacilles à gram positif non sporules

6.1

Corynebactérium diphteriae

	6.1.1	Historique
	6.1.2	Habitat
	6.1.3	Pouvoir pathogène

	6.1.3.1	Physiopathalogie
	6.1.3.2	Clinique

6.1.4

Bactériologie

	6.1.4.1	Microscope
	6.1.4.2	Culture
	6.1.4.3	Caractères biochimiques
	6.1.4.4	Structure antigènique et substances élaborées

	6.1.5	Diagnostic bactériologique
	6.1.6	Traitement

	6.1.6.1	Traitement curatif
	6.1.6.2	Traitement préventif

6.2

Listéria monocytogènes

	6.2.1	Habitat
	6.2.2	Facteurs de virulence et physiopathologie
	6.2.3	Pouvoir pathogène

	6.2.3.1	Pouvoir pathogène naturel
	6.2.3.2	Pouvoir pathogène expérimental

	6.2.4	Caractères bactériologiques et antigéniques
	6.2.5	Diagnostic bactériologique
	6.2.6	Traitement

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Chapitre 7 - Entérobactéries et autres bacilles à gram négatif non exigeants

7.1

Les entérobactéries

7.1.1

Caractères généraux et classification des entérobactéries

	7.1.1.1	Définition des entérobactéries
	7.1.1.2	Répartition en genres
	7.1.1.3	Caractérisation des espèces

7.1.2

Salmonella

	7.1.2.1	Définition et habitat
	7.1.2.2	Classification
	7.1.2.3	Pouvoir pathogène naturel

7.1.3

Shigella

	7.1.3.1	Définition
	7.1.3.2	Le pouvoir pathogène
	7.1.3.3	Etude bactériologique
	7.1.3.4	Diagnostic bactériologique
	7.1.3.5	Traitement

7.1.4

Yersinia

	7.1.4.1	Yersinia pestis
	7.1.4.2	Yersinia entérocolitica et pseudotuberculosis

7.1.5

Escherichia coli

	7.1.5.1	Définition
	7.1.5.2	Habitat
	7.1.5.3	Pouvoir pathogène
	7.1.5.4	Diagnostic bactériologique
	7.1.5.5	Traitement

7.1.6

Autres entérobactéries commensales

	7.1.6.1	Proteus mirabilis
	7.1.6.2	Klebsiella

7.1.7

Entérobactéries saprophytes

7.2

Les autres bacilles à gram négatif aerobies non exigeants

7.2.1

Les bacilles à gram négatif des genres pseudomonas et acinetobacter

	7.2.1.1	Pseudomonas
	7.2.1.2	Acinetobacter

7.2.2

Vibrio cholerae

	7.2.2.1	Definition
	7.2.2.2	Habitat
	7.2.2.3	Pouvoir pathogène
	7.2.2.4	Bactériologie
	7.2.2.5	Diagnostic microbiologique
	7.2.2.6	Traitement

Chapitre 8 - Les bacilles a gram positif sporules

8.1

Bacilles aerobies sporules

8.1.1

Bacillus anthracis

	8.1.1.1	Pouvoir pathogène naturel de B.anthracis
	8.1.1.2	Bactériologie
	8.1.1.3	Diagnostic
	8.1.1.4	Traitement

8.2

Bacilles anaérobies sporules

	8.2.1	Caractères généraux des bactéries du genre clostridium
	8.2.2	Clostridium botulinum

	8.2.2.1	Habitat
	8.2.2.2	Pouvoir pathogène naturel
	8.2.2.3	Caractères bactériologiques
	8.2.2.4	La toxine botulinique
	8.2.2.5	Diagnostic
	8.2.2.6	Traitement

8.2.3

Clostridium tétani

	8.2.3.1	Habitat
	8.2.3.2	Pouvoir pathogène naturel
	8.2.3.3	Caractères bactériologiques
	8.2.3.4	La toxine tétanique
	8.2.3.5	Diagnostic
	8.2.3.6	Traitement

8.2.4

Clostridia de la gangrène gazeuse

	8.2.4.1	Habitat de Clostridium perfringens
	8.2.4.2	Pouvoir pathogène naturel de C.perfringens
	8.2.4.3	Caractères bactériologiques de C.perfringens
	8.2.4.4	Diagnostic
	8.2.4.5	Traitement

8.2.5

Les colites pseudomembraneuses provoquées par les clostridia

Chapitre 9 - Les bacilles à gram négatif hémophiles ou exigeants

9.1

Genre géemophilus

	9.1.1	Caractères généraux
	9.1.2	Haémophilus influenzae

	9.1.2.1	Habitat
	9.1.2.2	Pouvoir pathogène
	9.1.2.3	Etude bactériologique
	9.1.2.4	Diagnostic bactériologique
	9.1.2.5	Traitement

9.1.3

Autres haemophilus

9.2

Genre bordetella

9.2.1

Bordetella pertussis

	9.2.1.1	Habitat
	9.2.1.2	Pouvoir pathogène
	9.2.1.3	Etude bactériologique
	9.2.1.4	Diagnostic bactériologique
	9.2.1.5	Traitement

9.3

Genre brucella

	9.3.1	Définition
	9.3.2	Habitat
	9.3.3	Pouvoir pathogène naturel

	9.3.3.1	Chez l’animal
	9.3.3.2	Chez l'homme

9.3.4

Diagnostic

	9.3.4.1	Le diagnostic direct
	9.3.4.2	Le diagnostic indirect

9.3.5

Traitement

	9.3.5.1	Le traitement préventif
	9.3.5.2	Le traitement curatif

Chapitre 10 - La flore microbienne normale de l’organisme

Chapitre 11 - Les spirochetes

11.1

Genre treponema

11.1.1

La maladie syphilitique

	11.1.1.1	L'incubation
	11.1.1.2	La lésion primaire
	11.1.1.3	Lésions secondaires
	11.1.1.4	Evolution
	11.1.1.5	La syphilis congénitale

11.1.2

Bactériologie

	11.1.2.1	Morphologie
	11.1.2.2	Culture
	11.1.2.3	Structure antigénique
	11.1.2.4	Pouvoir pathogène expérimental

11.1.3

Diagnostic biologique

	11.1.3.1	Les prélèvements
	11.1.3.2	La recherche du tréponème
	11.1.3.3	Le sérodiagnostic

11.1.4

Traitement

	11.2	Borrelia
	11.3	Les leptospira

Chapitre 12 - Mycobactéries

12.1

Mycobacterium tuberculosis

	12.1.1	Historique
	12.1.2	Habitat
	12.1.3	Pouvoir pathogène

	12.1.3.1	Physiopathologie
	12.1.3.2	Clinique

12.1.4

Etude bactériologique

	12.1.4.1	Microscope
	12.1.4.2	Culture
	12.1.4.3	Caractères biochimiques
	12.1.4.4	Constitution chimique et antigénique
	12.1.4.5	Génétique
	12.1.4.6	Résistance aux agents physiques et chimiques

	12.1.5	Pouvoir pathogène expérimental. Le phénomène de Koch
	12.1.6	Diagnostic bactériologique

	12.1.6.1	Diagnostic direct
	12.1.6.2	Diagnostic indirect

12.1.7

Traitement

	12.1.7.1	Traitement curatif
	12.1.7.2	Traitement préventif

	12.2	Mycobacterium bovis
	12.3	Mycobacterium africanum
	12.4	Mycobactéries atypiques
	12.5	Mycobactérium leprae

Chapitre 13 - Les rickettsia et bactéries voisines

	13.1	Définition
	13.2	Historique
	13.3	Bactériologie

	13.3.1	Les rickettsia : classification
	13.3.2	Les caractères généraux des rickettsies

	13.3.2.1	Ce sont des bactéries
	13.3.2.2	Morphologie
	13.3.2.3	Constitution chimique
	13.3.2.4	Vitalité, résistance
	13.3.2.5	Structure antigénique
	13.3.2.6	Culture

13.4

Pouvoir pathogène chez l’homme

	13.4.1	Bases du pouvoir pathogène
	13.4.2	Les différentes rickettsioses humaines

	13.4.2.1	Groupe du typhus épidémique
	13.4.2.2	Groupe des fièvres pourprées
	13.4.2.3	Groupe des typhus tropicaux
	13.4.2.4	Autres infections proches des rickettsioses
	13.4.2.5	Les infections humaines à Ehrlichia

	13.5	Diagnostic des rickettsioses
	13.6	Traitement des rickettsioses

Chapitre 14 - Les chlamydia

	14.1	Caractères généraux des chlamydia
	14.2	Chlamydia trachomatis

	14.2.1	Le trachome
	14.2.2	Les infections génitales ou sexuellement transmissibles
	14.2.3	Lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Nicolas et Favre
	14.2.4	Diagnostic bactériologique
	14.2.5	Traitement

14.3

Chlamydia psittaci

	14.3.1	Le réservoir de germes
	14.3.2	Le pouvoir pathogène
	14.3.3	Diagnostique bactériologique
	14.3.4	Traitement

14.4

Chlamydia pneumoniae

	14.4.1	Réservoir de germes
	14.4.2	Pouvoir pathogène
	14.4.3	Diagnostic bactériologique
	14.4.4	Traitement

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